Руководитель:
доктор биологических наук, заведующий лабораторией биологии единичных клеток
Структурное подразделение: Научно-исследовательский институт молекулярной и клеточной медицины медицинского института.
Лаборатория биологии единичных клеток создана в 2022 году с целью внедрения революционных инструментов — секвенирования единичных клеток и пространственной транскриптомики в исследования биологических объектов в норме и патологии.
Данные технологии позволяют изучать «молекулярный портрет» (геном, эпигеном, экзом и транскриптом) каждой клетки по отдельности, при этом, в случае пространственной транскриптомики, сохраняя структуру ткани и расположение клеток. Детальный биоинформатический анализ предоставляет информацию не только о молекулярных особенностях (генная экспрессия, мутации, эпигенетические модификации и др.) клеток, но и открывает возможность для идентификации траекторий клеточной дифференцировки/филогении и межклеточных взаимодействий и обнаружения новых типов клеток и ранее неизвестных процессов.
Благодаря высокому разрешению данных методов в сочетании с высокой производительностью становится возможной расшифровка клеточной гетерогенности и разработка принципиально новых подходов к персонализированной терапии заболеваний.
Список публикаций:
- Gerashchenko T.S., Schegoleva A.A., Khozyainova A.A., Choinzonov E.L., Denisov E.V. Metastasis prevention: How to catch metastatic seeds. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) — Reviews on Cancer 2023; 1878 (3):188867.
- Iamshchikov P., Larionova I., Gerashchenko T., Piankov D., Koshkin P., Korostelev S., Denisov E. Comparison of the Illumina NextSeq 2000 and GeneMind Genolab M sequencing platforms for spatial transcriptomics. BMC Genomics 2023; 24:102.
- Semchenkova A., Zerkalenkova E., Demina I., Kashpor S., Volchkov E., Zakharova E., Larin S., Olshanskaya Y., Novichkova G., Maschan A., Maschan M., Popov A. Recognizing Minor Leukemic Populations with Monocytic Features in Mixed-Phenotype Acute Leukemia by Flow Cell Sorting Followed by Cytogenetic and Molecular Studies: Report of Five Exemplary Cases. International Journal of Molecular Sciences 2023; 24(6):5260.
- Tretyakova M.S., Menyailo M.E., Schegoleva A.A., Bokova U.A., Larionova I.V., Denisov E.V. Technologies for Viable Circulating Tumor Cell Isolation. International Journal of Molecular Sciences 2022; 23(24):15979.
Образовательные программы
Коллектив лаборатории входит в управляющий комитет и консультативный совет Ассоциации анализа отдельных клеток (ASCA), деятельность которой направлена на:
- проведение ежегодной научно-практической школы по анализу отдельных клеток;
- создание образовательного репозитория по методам анализа отдельных клеток;
- поддержке новостного телеграмм-канала;
- разработку базы данных секвенирования единичных клеток и технологическую карту центров, специализирующихся в геномике, транскриптомике и протеомике единичных клеток.
Основной проект
- Проект РНФ
23-65-00003 «Современные молекулярно-генетические технологии для разработки новых алгоритмов персонализации терапии сарком мягких тканей» (2023 — 2026)
- Молекулярный атлас метастаз-инициирующих клеток. Проект фокусируется на поиске опухолевых клеток, формирующих гематогенные метастазы при различных карциномах, и идентификации их молекулярных особенностей с целью создания подходов для прогнозирования вероятности метастазирования и разработки антиметастатической терапии.
- Молекулярный атлас детских лейкозов и лимфом. Проект направлен на понимание молекулярных особенностей (генетических нарушений, клональной архитектуры и фенотипического разнообразия) различных типов лейкозов и лимфом у детей с целью улучшения ранней диагностики, прогнозирования клинического течения и повышения эффективности терапии.
- Молекулярный атлас сарком мягких тканей. Проект нацелен на изучение мутационного профиля, транскриптомного ландшафта и популяционного состава клеток опухолей трех наиболее распространенных нозологических типов сарком мягких тканей: недиференцированных плеоморфных сарком, липосарком и синовиальных сарком